Nokogiri was built against LibXML version xxx, but has dynamically loaded 2.7.8

WARNING: Nokogiri was built against LibXML version 2.7.7, but has dynamically loaded 2.7.8

sudo gem uninstall nokogiri
sudo gem install nokogiri

で直る。
要するに、12.04にアップグレードした時にLibXMLのバージョンがnokogiriをインストールしたとき（10.10）よりもバージョンが高くなってしまった為らしい。